home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00049 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.4 KB  |  36 lines
  1. ***********************************
  2. * Ribosomal protein L23 signature *
  3. ***********************************
  4.  
  5. Ribosomal protein L23 is one of the proteins from the large ribosomal subunit.
  6. In  Escherichia coli,  L23 is known to bind a specific region on the 23S rRNA;
  7. in yeast, the corresponding protein binds to a homologous site on the 26S rRNA
  8. [1]. It  belongs  to  a  family  of  ribosomal proteins which, on the basis of
  9. sequence similarities [2,3,4], groups:
  10.  
  11.  - Eubacterial L23.
  12.  - Archaebacterial L23.
  13.  - Algal and plant chloroplast L23.
  14.  - Fungi L25.
  15.  - Mammalian L23A.
  16.  - Yeast mitochondrial YmL41 (gene MRPL41 or MRP20).
  17.  
  18. As a signature pattern, we selected a small conserved region in the C-terminal
  19. section of  these  proteins, which is probably involved in rRNA-binding [2].
  20.  
  21. -Consensus pattern: [RK](2)-[AM]-[IVFYT]-[IV]-[RKT]-L-[STANQK]-x(7)-[LIVMF]
  22. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  23.  for yeast mitochondrial YmL41.
  24. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  25. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  26.  
  27. [ 1] El Baradi T.T.A.L., Raue H.A., van de Regt C.H.F., Verbree E.C.,
  28.      Planta R.J.
  29.      EMBO J. 4:210-2107(1985).
  30. [ 2] Raue H.A., Otaka E., Suzuki K.
  31.      J. Mol. Evol. 28:418-426(1989).
  32. [ 3] Fearon K., Mason T.L.
  33.      J. Biol. Chem. 267:5162-5170(1992).
  34. [ 4] Otaka E., Hashimoto T., Mizuta K.
  35.      Protein Seq. Data Anal. 5:285-300(1993).
  36.